Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение "Гимназия №69" им. Героя Советского Союза, генерал-майора И.В.Панфилова самостоятельно в формировании своей структуры, если иное не установлено федеральными законами.

МБОУ "Гимназия №69" может иметь в своей структуре различные структурные подразделения, обеспечивающие осуществление образовательной деятельности с учетом уровня, вида и направленности реализуемых образовательных программ, формы обучения и режима пребывания учащегося (библиотеку, психологическую и социально-педагогическую службу и иные предусмотренные локальными нормативными актами Учреждения структурные подразделения).

Структурные подразделения не являются юридическими лицами и действуют на основании Устава МБОУ "Гимназия №69" и положения о соответствующем структурном подразделении, утвержденного директором МБОУ "Гимназия №69", и не наделяются имуществом.

В МБОУ "Гимназия № 69" структурных подразделений нет.

Единоличным исполнительным органом МБОУ "Гимназия № 69" является директор. К компетенции директора относятся вопросы осуществления руководства деятельностью МБОУ "Гимназия № 69" за исключением вопросов, отнесенных федеральными законами, законодательством Алтайского края к компетенции Учредителя и иных органов.

В МБОУ "Гимназия № 69" существуют коллегиальные органы управления, к которым относятся: 

• Общее собрание работников;
• Совет Учреждения;
• Педагогический совет;
• Общешкольное родительское собрание;
• Совет учащихся. 

Общее собрание работников - высший коллегиальный орган управления МБОУ "Гимназия №69". Участниками Общего собрания работников являются все лица, находящиеся на оплачиваемой работе в МБОУ "Гимназия №69", на основании заключенных с данными лицами трудовыми договорами.

Совет Учреждения - коллегиальный орган управления, обеспечивающий демократический, государственно-общественный характер управления МБОУ "Гимназия №69". Совет Учреждения осуществляет свои функции и права от имени всего трудового коллектива, коллектива учащихся и их родителей.

Педагогический совет - руководящий орган в МБОУ "Гимназия №69" для рассмотрения основополагающих вопросов образовательного процесса.

Общешкольное родительское собрание - коллегиальный орган управления, целью которого является содействие осуществлению управленческих начал, развитию инициативы родителей, способствующих организации образовательного процесса и финансово-хозяйственной деятельности, расширению коллегиальных, демократических форм управления в МБОУ "Гимназия №69".

Совет учащихся - орган ученического самоуправления МБОУ "Гимназия №69", целью которого является формирование гражданской культуры, активной гражданской позиции учащихся, содействие развитию их самостоятельности, способности к самоорганизации и саморазвитию, формированию у учащихся умений и навыков самоуправления, подготовка их к компетентному и ответственному участию в жизни общества.